* протурецкая: большинство (более 80 турок-месхетинцев — потомки этнических турок — ерли (турецко-говорящие земледельцы); терекялы (азербайджано-говорящие пастухи); а меньшинство (около 20 — потомки коренных грузин и армян (хемшилы), ставших мусульманами в XVII—XVIII веках и перешедших на турецкий язык. Имеется версия о том, что месхетинцы произошли от симбиоза одного из родов турков-османов, осевших здесь, с грузинским племенем месхов.
* прогрузинская: большинство турок-месхетинцев — потомки отуреченных в XVII—XVIII веках грузин-месхетинцев, с небольшой примесью этнических турок и азербайджанцев, а также возможно армяноязычных хемшилов.

В этногенезе турков-месхетинцев участвовали два основных компонента: грузинское племя месхов и тюрки, массовое появление которых в Малой Азии и Закавказье началось в 11 веке. Район Месхетского хребта сделался пограничной областью, разделявшей сферу влияния грузинских царей и турецких султанов. Массовые миграции, вызванные нашествием монголов в 13 веке и походом Тимура в 1395, увеличили численность тюркских элементов в юго-западных пограничных районах Грузии и особенно в Месхетии (относительно слабее защищённой от вторжения с юга), что облегчило впоследствии ассимиляцию османскими турками части её населения. С вхождением в 1555 г. в состав Османской империи, территория Самцхе-Саатабаго (Месхети) оказалась в ареале воздействия турецкого этноса. Ассимиляция турками коренного населения происходила по религиозному и языковому направлениям. Переход в ислам всячески поощрялся; в Османской империи в местностях со смешанным населением разговорный турецкий язык становился языком межнационального общения. В результате возник общий этноним тюрки-турки (в турецком языке эти слова не различаются), обозначавший земледельцев-мусульман, говорящих на местных диалектах турецкого языка. К новому этнониму часто делалось добавление, конкретизирующее место проживания данной группы крестьян (в Месхетии - турки-месхетинцы). Ко времени присоединения Ахалцихского региона в составе Грузии к России (в 1829) мусульмане-месхетинцы составляли меньшинство населения этого региона; на протяжении 19 - 1-й трети 20 вв. их доля постепенно возрастала от 1/3 до 2/ 5. Ко 2-й половине 19 века для месхов-мусульман турецкий язык был уже родным, став языком общения в семье. К концу 1930-х гг. у месхетинских мусульман имелся общий этноним «турки-месхетинцы»; местные месхи (православные с 19 в.) называли их «турками».

С 1928 по 1937 годы турки-месхетинцы подвергались репрессиям: их принуждали менять национальность и брать грузинские фамилии. С началом Великой Отечественной войны было мобилизовано практически всё взрослое мужское население (более 40 тыс., 26 тыс. из них погибло).

В 1944 турки-месхетинцы (вместе с курдами, хемшилами и многими другими кавказскими народами), в связи с тем, что значительная часть населения была связана с жителями приграничных районов Турции родственными отношениями и проявляла эмиграционные настроения, по обвинению в пособничестве врагам, занятиях контрабандой и служению для турецких разведывательных органов источником вербовки шпионских элементов и насаждения бандитских групп , по приказу И. В. Сталина были принудительно выселены со своих территорий в Грузии в Казахстан, Киргизию и Узбекистан. Всего было выселено 115,5 тыс. чел., из них около 17 тыс. погибло в пути. На новых местах проживания с ними довольно быстро смешались и небольшие группы турок-османов, выходцев из центральной Турции, живших в Абхазии и Аджарии и выселенных оттуда в Среднюю Азию в 1948-49 годах.

Депортированные турки-месхетинцы были рассредоточены по отдельным посёлкам в различных областях Узбекистана, Казахстана и Киргизии как "спец. переселенцы" (т.е. без права изменения места жительства).

В 1956 с турков-месхетинцев были сняты ограничения по специальному поселению, часть из них стала возвращаться в различные районы Кавказа, в особенности в Кабардино-Балкарию и Северный Кавказ. Но все же большинство турков-месхетинцев не стало переезжать из насиженных мест в Средней Азии и Казахстане.

В мае 1989 произошел погром турков-месхетинцев в Ферганской долине Узбекистана в результате роста этнического напряжения в перенаселенной и обедневшей части Ферганы. За этим последовала массовая эвакуация турок-месхетинцев из Узбекистана в Россию, Казахстан и Азербайджан.

В 1990-х Грузия начала принимать месхетинских переселенцев, если те объявляли о своей грузинской этнической принадлежности.[источник?] Это вызвало протесты среди армянского населения провинции Самцхе-Джавахети и приём был остановлен.

Азербайджан принял несколько тысяч месхетинцев, однако, ввиду проблемы с беженцами из Нагорного Карабаха, дальнейшее переселение было приостановлено.

Турция, которую многие турки-месхетинцы рассматривают в качестве настоящей родины, начала программу по приему месхетинских иммигрантов, с заселением их в бедные восточные районы страны с преобладающим курдским населением, что не соответствовало ожиданиям месхетинцев, которые в свою очередь не стали заселяться в отведенных им территориях и заселились в большинстве своём в такие турецкие города, как Бурса, Игдыр и др. На данный момент в Турции проводятся мероприятия, поддерживаемые государством, по облегчённому получению гражданства турками-месхетинцами. По облегчённому получению гражданства турками-месхетинцами в Турецком законодательстве принят специальный закон.

Значительная группа месхетинцев компактно осела в юго-западных районах Краснодарского края России. Однако, как в силу общей политики местных властей противодействия иммиграции в этот край, так и в особенности из-за возникшей неприязни именно к месхетинцам, последние испытывают притеснения со стороны районной администрации и негативное отношение местного казацкого населения. В Краснодарском крае налицо социальная проблема на национальной почве.

С февраля 2004 при содействии правительств России и США, Международная организация по миграции начала программу по переселению турок-месхетинцев из Краснодарского края в США. На сентябрь 2005 около 21 тысячи лиц подали заявления об участии в программе и 5000 переехали в города Портленд, Филадельфия, Атланта, Ноксвилль, Вокеша, Кент, всего более чем в 60 городов Америки. На данный момент программа приостановлена.